Akreditované chirurgické oddělení poskytuje moderní ambulantní a hospitalizační péči v celém rozsahu všeobecné a kolorektální chirurgie, v traumatologii, cévní chirurgii a urologii. Součástí chirurgického oddělení je IBD centrum (centrum pro nemocné s nespecifickými záněty střevními). Ve všech oborech jsou preferovány moderní mini-invazivní techniky (laparoskopické přístupy k akutním a plánovaným výkonům, včetně operací kýl a střevních operací).
Kompletní rozsah střevní chirurgie je garantován nejvyšším vzděláním chirurgů – specialistů (koloproktologická atestace-způsobilost). IBD centrum poskytuje komplexní chirurgickou i gastroenterologickou péči o nemocné s Crohnovou nemocí a ulcerózní kolitidou z celé republiky. Na chirurgickém oddělení jsou uplatňovány zásady moderní kolem- operační péče (ERAS), které umožňují rychlou pooperační rekonvalescenci a snižují operační stres.
Lůžkové oddělení (více než 60 lůžek) je nově otevřeno po celkové rekonstrukci. Pacienti, kteří vyžadují intenzívní péči, jsou hospitalizování na 15 moderně vybavených lůžkách chirurgické intermediální péče, či na 4 lůžkách multioborové jednotky intenzívní péče s návazností na anesteziologicko-resuscitační oddělení.
Akutní ambulantní nemocní jsou ošetřeni na akutní chirurgické ambulanci centrálního příjmu (CP) s celodenním provozem, chroničtí pacienti na ambulanci CHA1. V ambulantním traktu jsou specializované poradny dle rozpisu. Za významné považujeme kontinuální vzdělávání chirurgů i sester a sledování výsledků chirurgické léčby a její kvality.